，降落在现在第三新东京市的地点。

　　蕴藏在黑之月里的，是生命之树的同类宇宙生物，却拥有着完全不同的进化方向，被称为智慧之树，而它也诞生了自己的第一颗拥有灵魂的果实——莉莉丝。

　　莉莉丝和亚当是同源，但有着完全不同的进化道路，亚当走的是纯粹的基因进化路线，只有生存能力最强的基因，才是他的发展方向。而莉莉丝走的，则是智慧进化路线，通过积累庞大的知识，来增加生存的能力。所以，她的本体力量远远不如亚当。

　　一山不容二虎，莉莉丝和亚当意外碰面，立即在地球上展开了争夺生存空间的殊死对抗，最后两败俱伤。当时亚当培养的恐龙族群彻底灭绝，亚当陷入沉睡，而黑之月则被巨大的力量蒸发，留下了第三新东京市地下的球形空洞（后来人们发现它之后，将其中大部分填埋，才形成了地下基地）。

　　在这场战斗中，莉莉丝也失去了行动能力，却没有沉睡，依旧保持着智慧。她发现智慧之树和生命树都遭到了毁灭性的毁坏，今后谁也无法单独再次进化了，只有将两树互相融合，才有机会再次飞向宇宙。

　　为了寻求再生，莉莉丝经过数千万年的修养和孕育，终于在大约三百万年前凝聚出了足够的力量，驱动智慧之树向整个地球散步了自己的种子。由于进化方向不同，智慧之树孕育的不是生命之树那样完整的生物种子，而是能够改变生物脑部构造的因子。这些因子和当时的古猿猴结合，扭转了它们的进化方向，生成了有智慧的生物，也就是后来的人类。

　　莉莉丝通过增强人类的智力，令他们打破了亚当遵循的"物竞天择适者生存"的进化原则，贯彻了自己坚持的“智者生存”的概念，通过对工具的运用，获得了远胜于亚当制造的生命的竞争能力，并最终统治了地球。

　　散播智慧，令莉莉丝也失去了全部能量，陷入了沉睡。

　　而得到了智慧的原始人类，则偶尔能从基因记忆里，得到一点点莉莉丝遗留的指点。

　　这种指点的出现间隔，往往是以千年为单位计算的，隐晦的基因记忆，形成了古老的宗教，并不断在巫师、祭祀和僧侣的冥想祈祷中，被发掘、拼凑、整理出来，形成个各种散碎的神话传说。

　　比如，智慧树和生命树，被传说成了伊甸园的双树，而亚当和莉莉丝，则成了最早的人类始祖。莉莉丝关于盗用亚当身体，制造新战斗个体的计划，被扭曲成了夏娃的诞生神话。

　　直到二十世纪末，人类终于找到了第三新东京市地下的大空洞，并且在那里挖掘到了莉莉丝的本体，才彻底揭开了自身的存在之谜。

　　人类明白了自己并非自然进化产物，也知道一旦亚当醒来，必定彻底清除人类，更确定莉莉丝已经

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